Pathogènes et ravageurs : panorama des menaces agronomiques majeures en 2026 (Partie 1/2)
L’agriculture française et européenne traverse une période de transition sanitaire sans précédent. En 2026, la gestion des bioagresseurs ne se limite plus à l’application de calendriers de traitements systématiques ; elle exige désormais une compréhension fine des interactions entre l’hôte et le pathogène. Les agriculteurs font face à une double pression : d’un côté, des maladies fongiques endémiques qui s’adaptent aux changements climatiques, et de l’autre, des menaces bactériennes émergentes dont l’impact peut entraîner des mesures de quarantaine drastiques. Dans ce contexte, la démonstration des preuves d’efficacité des biosolutions et l’utilisation de l’imagerie dynamique in planta s’imposent comme les nouveaux piliers de la résilience agronomique (1)(3)(35).
1. Grandes cultures : la persistance des défis cryptogamiques
Dans les filières céréalières et oléagineuses, les champignons (mycoses) restent les bioagresseurs les plus pénalisants économiquement. Leur capacité de dispersion par les spores et leur adaptation rapide aux variétés résistantes en font des adversaires redoutables.
1.1. Céréales : le complexe septoriose et rouilles
En blé tendre, la septoriose (Zymoseptoria tritici) demeure la pathologie foliaire la plus fréquente. Arvalis souligne qu’elle est responsable des pertes de rendement les plus régulières en France (1). Cependant, l’année 2025 a montré une recrudescence inquiétante des rouilles (jaune et brune). La rouille jaune, en particulier, colonise désormais des zones géographiques auparavant épargnées, avec des chutes de rendement pouvant atteindre 25 quintaux par hectare lors d’épisodes de printemps humides (2).
La fusariose des épis (Fusarium graminearum) représente un autre défi majeur, non seulement pour le rendement mais aussi pour la qualité sanitaire des grains. Le risque mycotoxines, étroitement surveillé en 2026, peut entraîner le déclassement de lots entiers, impactant lourdement la rentabilité des exploitations (4). La lutte contre ces champignons est de plus en plus complexe en raison du développement de résistances aux principales familles de fongicides (SDHI, triazoles), rendant indispensable l’intégration de biosolutions dont l’efficacité doit être rigoureusement testée (16).
1.2. Colza : phoma et sclérotinia sous haute surveillance
Pour les producteurs de colza, le phoma (Leptosphaeria maculans) est identifié comme la maladie la plus dommageable. Il provoque des nécroses au collet qui coupent l’alimentation de la plante, pouvant entraîner des pertes de récolte supérieures à 50% (5)(8). À ses côtés, le sclérotinia (Sclerotinia sclerotiorum) reste imprévisible : ce champignon polyphage peut contaminer de nombreuses cultures (colza, tournesol, soja) et persister dans le sol sous forme de sclérotes pendant plusieurs années, rendant les rotations courtes risquées (7).
1.3. Pomme de terre : entre le fléau du mildiou et l’alerte Ralstonia
Le mildiou (Phytophthora infestans) demeure l’ennemi public numéro un pour les producteurs de tubercules. En 2026, les souches de mildiou sont plus agressives et résistantes à certains traitements classiques. Un champ peut être dévasté en moins d’une semaine si les conditions de température et d’hygrométrie sont favorables (9)(11). La recherche se concentre aujourd’hui sur des biosolutions capables de bloquer la germination des spores avant même la pénétration dans la feuille, une étape cruciale que l’imagerie in planta permet désormais de visualiser avec précision (35).
Cependant, une menace bactérienne majeure pèse de plus en plus sur la filière : le flétrissement bactérien causé par le complexe Ralstonia solanacearum (incluant R. pseudosolanacearum). Cette bactérie, classée comme organisme de quarantaine, pénètre par les racines et colonise les vaisseaux conducteurs de sève. Elle provoque un flétrissement brutal du feuillage et un brunissement des tissus vasculaires du tubercule (24)(26). L’établissement de cette bactérie en France est pris très au sérieux par l’Anses car elle est extrêmement difficile à éradiquer une fois présente dans le sol ou les eaux d’irrigation, imposant des mesures réglementaires strictes qui peuvent paralyser une exploitation (27).
2. Vignes et vergers : le choc des bactéries et des champignons
Les cultures pérennes présentent une vulnérabilité particulière car l’infection d’un plant engage souvent plusieurs décennies de production. Ici, la distinction entre champignons et bactéries prend une dimension vitale.
2.1. Viticulture : entre mildiou et maladies du bois
Le mildiou (Plasmopara viticola) et l’oïdium mobilisent l’essentiel de la protection phytosanitaire estivale. Toutefois, les maladies du bois (esca, BDA, eutypiose) progressent de manière alarmante. Contrairement aux maladies foliaires, ces champignons colonisent le tronc et les bras de la vigne, entraînant un dépérissement progressif ou une apoplexie brutale (13)(14). En 2026, le taux de mortalité annuel moyen des ceps en Europe est estimé à 13%, ce qui réduit mécaniquement la durée de vie des vignobles (6).
Sur le front bactérien, la vigne craint l’extension de la maladie de Pierce causée par Xylella fastidiosa. Bien que ses foyers soient encore limités à certaines zones méditerranéennes, son caractère incurable et la rapidité de sa propagation par des insectes vecteurs (cicadelles) en font une menace prioritaire pour l’Union Européenne (31)(33).
2.2. Arboriculture : le danger du feu bactérien
En vergers à pépins (pommiers, poiriers), la tavelure (Venturia inaequalis) est la principale cause de déclassement des fruits, mais c’est le feu bactérien (Erwinia amylovora) qui suscite la plus grande inquiétude agronomique. Cette bactérie est capable de faire dépérir des arbres entiers en une saison. Elle pénètre par les fleurs ou les blessures de taille et progresse dans les tissus vasculaires (22). En l’absence de solutions curatives chimiques autorisées en Europe, la gestion repose exclusivement sur la prophylaxie et l’arrachage préventif des arbres atteints, soulignant l’urgence de développer des éliciteurs de défenses naturelles efficaces (23)(25).
3. L’innovation technologique au service de la protection
Face à la réduction des substances actives conventionnelles, l’agronomie de 2026 s’appuie sur deux piliers technologiques majeurs.
3.1. L’imagerie dynamique in planta
L’imagerie par bioluminescence permet désormais de « voir l’invisible », les chercheurs peuvent donc observer en temps réel la colonisation d’une feuille par un champignon ou la multiplication d’une bactérie comme Ralstonia dans les vaisseaux d’une tige (35). Cette technologie est cruciale pour fournir des preuves d’efficacité aux agriculteurs : elle montre précisément comment une biosolution ralentit la progression du pathogène avant même que les symptômes ne soient visibles à l’œil nu (19).
3.2. Les biosolutions et l’induction de résistance
Contrairement aux pesticides classiques, de nombreuses biosolutions agissent en stimulant l’immunité de la plante (SAR – Systemic Acquired Resistance). Pour les bactéries comme Xanthomonas ou Erwinia, où les traitements curatifs font défaut, cette approche préventive est la plus prometteuse (29)(30). L’efficacité de ces stimulateurs de défense naturelle (SDN) dépend toutefois de la vigueur de la plante et de la précocité de l’application, des paramètres que l’imagerie dynamique aide à optimiser (35).
En conclusion, la lutte contre les pathogènes en 2026 exige une approche intégrée. Si les champignons dominent toujours le volume des pertes agronomiques, les bactéries comme Ralstonia ou Xylella représentent un risque de rupture pour les filières. La clé de la réussite réside dans la capacité des exploitants à adopter de nouveaux outils de diagnostic et de protection biologique, validés par des tests d’activité rigoureux et une observation précise de la dynamique du vivant.
SOURCES
(1) Arvalis. Maladies du blé : connaître les virus et champignons pathogènes du blé tendre. 2021.
(2) Syngenta France. Les maladies du blé et rouilles. 2023.
(3) Ministère de l’Agriculture. Santé des végétaux en France : menaces et lutte. 2025.
(4) Arvalis. Fusarioses et mycotoxines : enjeux sanitaires. 2016.
(5) Momont. Les maladies du colza : focus phoma. 2020.
(6) L’Avenir Agricole. Impacts économiques des maladies de la vigne. 2025.
(7) LG Seeds. Quelles sont les maladies du colza et comment les maîtriser ? 2021.
(8) BASF Agro. Phoma du colza – Dynamiques et risques. 2025.
(9) BASF Agro. Le mildiou de la pomme de terre – Caractéristiques. 2025.
(11) Agroscope. Pronostic et monitoring du mildiou de la pomme de terre. 2024.
(13) Isagri. Maladies de la vigne : identifier mildiou et oïdium. 2023.
(14) BASF Agro. Maladies de la vigne : mildiou, oïdium et maladies du bois. 2025.
(16) Arvalis. Note commune résistances aux fongicides – Céréales. 2016.
(19) CTIFL. Gestion des maladies fongiques du pommier. Infos CTIFL 350. 2019.
(22) DRAAF Pays-de-la-Loire. Erwinia amylovora – Feu bactérien en vergers. 2021.
(23) INRAE – Ephytia. Pomme – Focus sur le feu bactérien. 2025.
(24) INRAE – Ephytia. Tomate – Ralstonia solanacearum (flétrissement). 2013.
(25) DRAAF Pays-de-la-Loire. Feu bactérien – document d’information. 2010.
(26) La France Agricole. Alerte sur Ralstonia pseudosolanacearum en France. 2025.
(27) Anses. Probabilité d’introduction de Ralstonia pseudosolanacearum. 2024.
(29) BioFruitNet. Principales maladies des fruits à noyau. 2023.
(30) AgriRéseau. Nervation noire des crucifères – Fiche technique. 2010.
(31) EFSA. Pest categorisation of Xylella fastidiosa – Updated report. 2018.
(33) EFSA. Plant health: EU prioritises 20 pests for emergency action. 2019.
(35) INRAE. Symbioses et imagerie dynamique pour les biosolutions. 2019.
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