Pathogènes et ravageurs : panorama des menaces agronomiques majeures en 2026 (Partie 2/2)
Les cultures spécialisées et maraîchères sont aujourd’hui au cœur d’enjeux sanitaires majeurs, avec une pression combinée de maladies fongiques « classiques » (mildiou, botrytis, alternarioses…) et de bactérioses émergentes comme les gales à Xanthomonas ou le flétrissement bactérien à Ralstonia (1). Ces filières, très intensives en valeur ajoutée et en main‑d’œuvre, sont particulièrement sensibles aux pertes de qualité commerciale et aux contraintes réglementaires, ce qui rend crucial le recours à des biosolutions et à des outils d’imagerie dynamique in planta pour apporter des preuves d’efficacité robustes (1).
1. Solanacées maraîchères : tomate, poivron, aubergine sous double pression
1.1. Tomate : mildiou, botrytis et alternarioses
La tomate, en plein champ comme sous serre, cumule plusieurs maladies fongiques majeures au cœur des programmes de protection (2). Le mildiou causé par Phytophthora infestans reste une menace majeure pour l’ensemble des solanacées (tomate, pomme de terre, aubergine, poivron) en conditions chaudes et humides, en particulier dans les systèmes peu ventilés ou fortement irrigués (3). En serre, des défauts de gestion du climat (hygrométrie élevée, condensation) peuvent suffire à déclencher des foyers même en l’absence de pluies directes (2)(3).
La moisissure grise due à Botrytis cinerea est également très fréquente en cultures maraîchères sous abri (2). Sur tomate, elle provoque des taches beiges à brun pâle sur les feuilles, peut ceinturer les tiges et entraîner un flétrissement brutal du plant, ainsi que des pourritures de fruits à taches « fantômes » caractéristiques (2). Des bulletins techniques en serre rapportent régulièrement des épisodes de Botrytis lors de périodes à forte humidité relative, soulignant l’importance de la ventilation, du désouchage et de la gestion des résidus de culture (2)(3).
Les alternarioses (principalement Alternaria solani sur tomate) complètent ce tableau avec des taches brunes concentriques sur feuilles et fruits, souvent plus marquées en fin de cycle ou dans des contextes de stress hydrique ou carentiel (1). Dans les synthèses sur la protection intégrée, ces maladies foliaires sont citées parmi les principales cibles des programmes de lutte sur cultures annuelles maraîchères (1).
1.2. Bactérioses des solanacées : Xanthomonas et Ralstonia
Sur tomate de plein champ, les Bulletins de Santé du Végétal font état de gales bactériennes causées par Xanthomonas vesicatoria, responsables de taches huileuses, de petites lésions nécrotiques sur feuilles et de lésions liégeuses sur fruits (4). Ces dégâts, très visibles, entraînent un déclassement important de la production destinée au marché du frais, même lorsque les pertes de rendement en tonnage restent modérées (4). La bactérie se propage essentiellement via les éclaboussures de pluie ou d’irrigation et le matériel végétal contaminé, ce qui rend la gestion de l’eau et la qualité des plants particulièrement critiques (1)(4).
Plus préoccupant encore, le flétrissement bactérien dû au complexe Ralstonia solanacearum / Ralstonia pseudosolanacearum est aujourd’hui identifié comme une menace majeure pour les solanacées en Europe (5). Cette bactérie colonise les vaisseaux du xylème, provoque un flétrissement irréversible des plants et un brunissement des tissus vasculaires, caractéristique à la coupe (6). Un avis d’expertise conclut que Ralstonia pseudosolanacearum présente une probabilité élevée d’introduction et d’établissement en France, en raison de sa présence déjà avérée dans plusieurs pays de l’Union européenne et de sa capacité à survivre dans les eaux de surface, le sol et de nombreuses plantes hôtes (5). Des articles techniques destinés aux producteurs de solanacées insistent sur le risque pour les filières tomate, poivron et aubergine, tant en plein champ qu’en abri (7).
Pour ces bactérioses, la lutte chimique est quasiment inexistante, et la gestion repose sur la prophylaxie : utilisation de plants sains, maîtrise des apports d’eau, désinfection du matériel, destruction rapide des foyers et gestion des adventices réservoirs (1)(5). Leur caractère systémique, associé à la difficulté d’éradication dans les milieux naturels, explique pourquoi ces bactéries font l’objet d’une attention réglementaire et d’une surveillance renforcée (5)(6).
Ralstonia solanacearum (Smith, 1896) Yabuuchi et al., 1996. Flétrissement bactérien. D. Blancard (INRAe) https://ephytia.inrae.fr/fr/C/7324/Aubergine-Ralstonia-solanacearum
2. Cultures feuilles et racines
Xanthomonas campestris pv. vitians (Pammel 1895) Dowson (1939) emend. Vauterin et al. (1995). D.Blancard (INRAe). https://ephytia.inrae.fr/fr/C/5453/Salades-Xanthomonas-campestris-pv-vitians-taches-foliaires-et-pourriture-de-la-pomme
2.1. Salades et légumes feuilles : mildious, botrytis et ravageurs associés
Les salades (laitue, batavia, romaine…) et autres légumes feuilles sont particulièrement exposés aux maladies aériennes, car leur surface foliaire est directement en contact avec les projections d’eau, les spores et la condensation (2). Des mildious spécifiques provoquent des taches chlorotiques puis nécrotiques sur le limbe, entraînant très rapidement un déclassement des têtes, notamment pour le marché du frais où l’aspect visuel est déterminant (1)(2).
Botrytis cinerea s’installe souvent sur tissus sénescents ou blessés, en particulier dans les zones denses et mal aérées, et entraîne des pourritures grises à tous les stades de la récolte, y compris en post‑récolte (2)(3). Dans les systèmes sous serre ou tunnels, on retrouve également des oïdiums sur différentes espèces (laitues, épinards, roquette, etc.), favorisés par des écarts thermiques marqués et une humidité élevée (2).
Les BSV rapportent régulièrement une forte pression de thrips (notamment Frankliniella occidentalis et Thrips tabaci) sur cultures de feuilles, particulièrement lors de périodes chaudes et sèches (4). Ces ravageurs occasionnent des piqûres et déformations, mais peuvent aussi jouer un rôle dans la transmission de certains virus, ce qui complexifie la gestion sanitaire globale du système maraîcher (1).
2.2. Alliums et racines : carotte, oignon, poireau
Pour la carotte, plusieurs maladies foliaires et telluriques reviennent de manière récurrente dans les bulletins techniques (8). Parmi les plus citées :
- Alternaria dauci, responsable de brûlures foliaires avec taches brunes auréolées de jaune ;
- Cercospora carotae, qui provoque des taches plus petites et parfois plus nombreuses ;
- Erysiphe heraclei (oïdium), avec un feutrage blanchâtre sur le feuillage ;
- des Pythium spp. responsables de « cavity spot » (taches en creux sur les racines).
Des notes de prophylaxie régionales identifient l’alternariose comme la maladie foliaire dominante, surtout en fin d’été, avec un impact sur la vitalité du feuillage et donc sur le grossissement des racines (8). La pression est accrue en rotations courtes, sur sols lourds ou en cas d’irrigation mal gérée.
Les maladies telluriques (Pythium, sclérotinia, etc.) décrites dans les documents de protection intégrée peuvent s’attaquer directement au système racinaire ou au collet, entraînant des manques à la levée, des jaunissements et des pertes importantes à la récolte (1). La gestion repose alors sur des rotations suffisamment longues, la maîtrise de l’humidité du sol, la gestion des résidus et, parfois, l’utilisation d’agents de biocontrôle ciblant les inoculums du sol (1)(8).
Des bactérioses à Xanthomonas sont également mentionnées sur carotte dans certaines régions, avec des symptômes foliaires et sur racines, et une association fréquente avec des irrigations par aspersion (8). Là encore, ce sont la qualité sanitaire des semences, le mode d’irrigation et la rotation qui constituent les leviers principaux de maîtrise.
Symptômes d’Alternaria dauci sur feuille de Carotte (2019) https://ephytia.inrae.fr/fr/C/22601/Vigi-Semences-Alternaria-dauci
3. Bactéries vs champignons en maraîchage : impacts et options de lutte
Les cultures maraîchères illustrent bien la différence de « profil de risque » entre champignons et bactéries.
Les champignons et oomycètes (mildiou, botrytis, alternaria, oïdiums, Pythium…) dominent en fréquence d’observation et en volume de pertes sur une campagne donnée (1). Ils se gèrent encore en grande partie grâce à des stratégies combinant :
- bonnes pratiques agronomiques (rotation, aération des couverts, gestion de l’irrigation),
- modélisation du risque et observation en parcelles,
- recours raisonné à des fongicides, complétés par des biosolutions à base de micro‑organismes antagonistes ou d’extraits naturels (1)(2)(3).
Les bactérioses (notamment Xanthomonas sur tomate et carotte, Ralstonia sur solanacées) sont souvent moins fréquentes, mais potentiellement beaucoup plus déstructurantes pour les filières (4)(5). Elles peuvent :
- entraîner des déclassements massifs de fruits (gales, taches liégeuses) ;
- imposer des mesures de quarantaine ou de restriction de circulation de plants ;
- rendre certaines parcelles temporairement impropres à la culture en cas de contamination des sols ou des réseaux d’irrigation (5)(6).
La lutte contre les bactéries repose principalement sur la prophylaxie et la réglementation, avec très peu de produits à action réellement bactéricide disponibles en cultures maraîchères (1)(5). Cela explique l’intérêt croissant pour les biosolutions qui stimulent les défenses naturelles de la plante ou modulent le microbiote de la rhizosphère pour limiter l’installation de ces pathogènes.
4. Biosolutions et imagerie : de la preuve à l’adoption
Les cultures maraîchères, à forte valeur ajoutée, sont en première ligne pour l’adoption de biosolutions, en particulier sous serre et en systèmes intensifs à contraintes environnementales fortes (1)(2). Les documents de protection intégrée montrent que ces cultures sont soumises à un impératif de qualité sanitaire très élevé, tout en étant exposées à un large spectre de maladies foliaires et telluriques, ainsi qu’à plusieurs viroses et bactérioses (1).
Dans ce contexte, l’imagerie dynamique in planta apporte un saut qualitatif pour :
- visualiser la progression d’un champignon comme Botrytis ou Alternaria dans les tissus foliaires ;
- suivre la colonisation vasculaire par une bactérie comme Ralstonia ;
- quantifier l’effet d’une biosolution (agent de biocontrôle, éliciteur de défenses) sur la cinétique d’infection, bien avant l’apparition des symptômes visibles (1)(5).
En offrant des preuves d’efficacité précises, visuelles et reproductibles, cette imagerie renforce la confiance des producteurs et des filières dans les biosolutions et facilite leur intégration dans des stratégies de protection intégrée adaptées aux cultures maraîchères.
SOURCES
(1) Ecophytopic. Protection intégrée des maladies des cultures annuelles. ACTA; 2015.
(2) MAPAQ. Cultures maraîchères et fruitières en serre – Avertissement no 1, 16 juin 2025. 2025.
(3) MAPAQ. Cultures maraîchères et fruitières en serre – Alerte no 1, 30 juillet 2025. 2025.
(4) Chambre d’agriculture de La Réunion. Bulletin de Santé du Végétal – Maraîchage. Octobre 2024.
(5) Anses. Probabilité d’introduction de Ralstonia pseudosolanacearum (Safni et al.) Fegan et Prior en France. Rapport d’expertise. 2024.
(6) EPPO. Ralstonia solanacearum (RALSSL) – Distribution en France. EPPO Global Database. 2017.
(7) La France Agricole. Solanacées : une nouvelle bactérie aux portes de la France. 2025.
(8) Chambre d’agriculture Occitanie. BSV Maraîchage – Hors‑série carotte : maladies et prophylaxie. 2024.
